Как легко документировать анализ R с помощью R Markdown

Kak Legko Dokumentirovat Analiz R S Pomos U R Markdown



Благодаря универсальному формату R Markdown вы можете легко включить текст, исполняемый код R и его результаты в один файл. Из этих файлов можно легко преобразовать несколько статических и динамических форматов вывода, таких как PDF (.pdf), Word (.docx) и HTML (.html). Хорошо написанный файл R Markdown имеет то преимущество, что его можно воспроизвести. Это также означает, что вы можете перестроить статью, не изменяя реальный файл, если обнаружите проблему с расшифровкой данных или у вас есть возможность добавить новую информацию в исследование. Поскольку RStudio уже имеет встроенный пакет R markdown, для его установки не требуется никаких предварительных действий.

Тестовый код

Прежде чем начать использовать R Markdown, убедитесь, что в вашей системе установлен R. При этом в данный момент должен быть запущен RStudio. Сначала мы создаем сценарий для набора данных, который используем в файле R Markdown.

Мы импортируем библиотеку «наборов данных» из R в область исходного кода. Встроенные наборы данных можно получить с помощью этой библиотеки. Итак, набор данных с именем «AirPassengers» извлекается с помощью функции «data» и суммируется с помощью функции «summary».







В конце концов, функцияplot() применяется к этому набору данных, чтобы получить представление графика/графика конкретного набора данных. После запуска этого кода мы получаем сводку этого набора данных, которая отображается на консоли.



библиотека ( наборы данных )

данные ( «Авиапассажиры» )

краткое содержание ( Авиапассажиры )

сюжет ( Авиапассажиры )



На правой панели RStudio вы также можете увидеть график набора данных AirPassengers. Теперь мы используем этот код в нашем документе R Markdown.





Начало работы с R MarkDown в RStudio

Чтобы создать файл R Markdown, вам необходимо использовать меню «Файл» в левом верхнем углу окна RStudio. Нажмите на него и разверните доступную опцию «Новый файл». В опции «Новый файл» вы можете найти опцию «R Markdown». Нажмите на него, чтобы создать его.



На экране RStudio появится новое окно «Новый R Markdown». Поскольку мы хотим создать документ R Markdown, нам нужно выбрать «Документ» на левой панели. Теперь вы можете назвать свой документ, используя поле «Название»; мы назвали его «Тест».

Кроме того, вы можете указать свое имя как автора этого документа, то есть «Джон». В последнем поле вы должны указать дату создания документа R Markdown. Вы также можете использовать этот флажок для отображения даты документа каждый раз, когда вы его обновляете.

Теперь вам нужно выбрать формат вывода вашего файла по умолчанию, то есть html, pdf или Word. В нашем случае мы выбираем «HTML» в качестве формата вывода файла по умолчанию. Нажмите кнопку «ОК», чтобы продолжить создание образца файла R Markdown. Вы также можете использовать кнопку «Создать пустой документ», чтобы создать пустой файл Markdown.

Переключиться в визуальный режим для редактирования

Пример файла R Markdown открывается в области исходного кода RStudio. Теперь вы можете отредактировать этот образец файла Markdown в соответствии с вашими потребностями. Этот пример файла Markdown разделен на три части. Часть, которая начинается и заканчивается знаком «—», называется «заголовком» файла Markdown. Он включает в себя информацию, которую вы предоставили при создании образца файла уценки, то есть название, автор, дату и выходной формат.

Часть «## R Markdown», включая текстовые строки, представляет собой «текстовый» блок этого файла уценки. Вы также можете обновить его и разместить на нем свой текст. «## R Markdown» — это заголовок, который также можно обновлять. Следующая часть, начинающаяся с трех символов «`», обозначает часть «Чанк кода», предназначенную для добавления фрагментов кода. Часть кодирования также может сопровождаться частью «графиков», предназначенной для создания графиков с помощью кодов.

Переключаемся в «Визуальный» режим файла R Markdown с помощью кнопки «Визуальный» на панели задач открытого окна RStudio. В новом открывшемся окне вы найдете некоторые инструкции по перемещению в визуальном режиме. Нажмите кнопку «Использовать визуальный режим», чтобы открыть визуальный режим.

Отредактируйте файл примера

Теперь запускается режим редактирования «Визуальный» файла примера R Markdown. Вы можете форматировать, вставлять и редактировать весь файл, используя меню на панели задач. Например, мы не обновили часть «Заголовок», но заменили заголовки блоков «Текст» и «Графики». Замените образец текста новым текстом и укажите новый код в области кода. Мы также обновили блок «Сюжет» этого файла сбоку.

Сохраните файл

Теперь используйте кнопку «Ввязать», расположенную на панели задач RStudio, чтобы создать документ.

Теперь RStudio запросит у вас местоположение и имя нового файла Markdown, который вы собираетесь сохранить. По умолчанию тип файла R Markdown — «.Rmd». Назовем его «тест», как на следующем изображении, и сохраним на диск «D» с помощью кнопки «Сохранить»:

После сохранения вновь созданного файла R Markdown RStudio может принять участие в небольшой обработке для отображения документа. Перед этим он может попросить вас начать новый сеанс, открыв следующее окно. Нажмите «Начать новый сеанс», чтобы продолжить:

Просмотрите документ Markdown

Через некоторое время RStudio начинает новый сеанс вместе с открытием вновь созданного документа R Markdown в отдельном окне через RStudio. Файл содержит блок «Заголовок», в котором заголовок файла «Тест», за которым следует имя автора и дата создания. Блок кода и графика показывает на 100 процентов тот же результат, что и вывод кода «Тест».

Заключение

В этом руководстве представлена ​​лучшая демонстрация использования языка R для создания документа с помощью R Markdown. Начиная с настройки документа, мы объяснили, как редактировать, сохранять и открывать вновь созданный файл R Markdown, а также просматривать его блок заголовка, текстовый блок, блок фрагмента кода и блок графика.